Halil Edhem daha 31 yaşındayken, 1892'de, Müze-i Hümayun'un başındaki ağabeyi Osman Hamdi'nin yardımcılığını üstlenir. Osman Hamdi'nin 1910 yılında ölmesi üzerine onun yerine Müzeler Müdürü olur ve emekliye ayrıldığı 1931 yılına kadar bu görevini sürdürür. Demek ki 40 yıl müzeyle yatar, müzeyle kalkar. Halefi Aziz Ogan'a göre, "Bay Hamdi, müzenin müessisi olmak şerefini ihraz etmiş bir şahsiyetse, biraderi Hali Edhem de müzenin bugünkü tekamül esasını ileri götürmüş ve garp müzeleri derecesine isal etmeye muvaffak olmuş bir şahsiyettir."
Bir silah ve eski eserler müzesi olan Müze-i Hümayun'a modern bir İstanbul Müzesi vasfını kazandıracak adım, bir güzel sanatlar koleksiyonunun bu müzeyle eklemlenmesidir. Elvah-ı Nakşiye adıyla anılacak bu koleksiyonun kurucusu ve küratörü Halil Edhem'dir. Bu koleksiyonun çekirdeğini oluşturduğu "güzel sanatlar müzesi"nin kuruluşu, "güzel sanatlar akademisi" ile aynı süreç içinde tasarlanır. 1882'deki Sanayi-i Nefise Mektebi Nizamnamesi bir Sanayi-i Milliye Müzehanesi (Ulusal Sanat Müzesi) kurulmasını öngörür ve bunun için başlangıçta Mektep bünyesinde bir Salon düzenlenmesini şart koşar. Halil Edhem'in ifadesiyle, "bu Salon'un gelecekteki yükselmesini ve gelişmesini sağlamak amacıyla" kendisi tarafından düzenlenen Asar-ı Nakşiye Düzenlemesi ise 1917 yılında Meclis-i Vükela'da müzakere edilerek onaylanır. Halil Edhem'in önayak olduğu bütün bu girişimler, 1937'de açılacak olan İstanbul Resim Heykel Müzesi'nin ön aşamalarını oluşturur.
Kaynak: Ali Artun, “Halil Edhem’in Modern İstanbul Müzesi”, Halil Edhem, Müzecilik Yazıları – Modern Sanat Müzesinin Tasarımı içinde, der. Ali Artun (İstanbul: İletişim Yayınları/SanatHayat dizisi, 2019)